Doctorant(e) en Métabolomique Computationnelle par LC-HRMS (H/F)

Le/la candidat(e) sélectionné(e) sera impliqué-e dans le développement d'une suite chimioinformatique pour l'analyse du métabolome par spectrométrie de masse à haute résolution, en conjonction avec le génome et le métagénome pour étudier l'impact du métabolome microbien dans les maladies métaboliques chez l'homme, incluant l'obésité, le diabète de type 2, ainsi les pathologies hépatiques, cardiovasculaires et rénales associées.

Il/Elle contribuera au développement d'une base de données de spectres de masse de composés standards purs, et l'interfacer avec des spectres obtenus sur échantillons biologiques par le de fonctionnalités d'échantillonnage de pics, de recherche de masse, d'analyses statistique et des voies métaboliques.

Ce contrat de thèse de doctorat s'inscrit dans le cadre de l'International Research Project en Métabolisme Intégratif entre le CNRS, l'Université de Lille et Imperial College London. Le/la doctorant-e collaborera avec des équipes à Imperial College London et aura l'opportunité de voyager régulièrement à Imperial College pour sa formation et sa recherche.

Activités:

L'objectif de ce projet est de développer une méthodologie chimioinformatique d'analyse de données de spectrométrie de masse en métabolomique pour l'étude du microbiome humain et caractériser son rôle dans les maladies métaboliques.

Le/La candidat/e paricipera à la mise en place de bases de données et de l'analyse des données de spectrométrie de masse générées par l'équipe:

Administration des données du projetDéveloppement de méthodologies pour l'analyse de profils métabolomiques non-ciblésDéveloppement de bases de données et de solutions chimioinformatiques pour la reconnaissance de standards et l'attribution structuraleImplémentation d'analyses statistiques et chimiométriquesImplémentation d'analyses de réseaux moléculaires par le biais de GNPS

Administration des données du projet

Développement de méthodologies pour l'analyse de profils métabolomiques non-ciblés

Développement de bases de données et de solutions chimioinformatiques pour la reconnaissance de standards et l'attribution structurale

Implémentation d'analyses statistiques et chimiométriques

Implémentation d'analyses de réseaux moléculaires par le biais de GNPS

Il/Elle sera responsable de l'analyse des données métabolomiques ainsi que la dissémination scientifique des résultats (rédaction d'articles scientifiques en Anglais, participations à des réunions et conférences internationales). Le/la candidat(e) jouera influencera le projet : design de la suite logicielle, optimisation et comparaison, définition des priorités, interprétation des résultats.

Missions:

Le/la candidat(e) devra:

être titulaire d'un Mastère ou d'un Diplôme d'Ingénieur en chimio-informatique, chimiométrie ou chimie computationelleêtre expert dans l'analyse de données de spectrométrie de masseêtre expert dans l'attribution structurale automatisée de spectres de masseavoir une expérience de développement de bases de spectres dans des environnements variésavoir connaissance des statistiques unidimensionnelles et multidimensionnellesavoir connaissance des logiciels d'analyse chimiométriquemaitriser l'Anglais (écrit et parlé)être motivé par un projet d'équipe multidisciplinairedémontrer autonomie, rigueur, pensée critique, et capacité à s'intégrer au sein d'une équipe internationale

être titulaire d'un Mastère ou d'un Diplôme d'Ingénieur en chimio-informatique, chimiométrie ou chimie computationelle

être expert dans l'analyse de données de spectrométrie de masse

être expert dans l'attribution structurale automatisée de spectres de masse

avoir une expérience de développement de bases de spectres dans des environnements variés

avoir connaissance des statistiques unidimensionnelles et multidimensionnelles

avoir connaissance des logiciels d'analyse chimiométrique

maitriser l'Anglais (écrit et parlé)

être motivé par un projet d'équipe multidisciplinaire

démontrer autonomie, rigueur, pensée critique, et capacité à s'intégrer au sein d'une équipe internationale

Contexte de travail

Le/la candidat-e sélectionné-e rejoindra le groupe “Microbiome, Métabolome et Maladies Métaboliques” à l' U1283/UMR8199 EGENODIA (directeur: Philippe Froguel) à l'Institut Européen de Génomique du Diabète (EGID, reconnu par un label de 'Laboratoire d'Excellence'), dont les objectifs de recherche sont d'étudier le microbiome pour identifier des métabolites microbiens impliqués dans le cardiométabolisme et étudier leurs bioactivités dans les processus biologiques. L'institut fournit un excellent environnement intellectuel et l'infrastructure requise pour le projet de recherche, avec un accès direct à des plateformes telles que la métabolomique par spectrométrie de masse haute résolution (IMPACT-PM), le séquençage à hauts-débits (LIGAN-PM, Équipement d'Excellence), animalerie avec plateforme d'imagerie et d'études métaboliques (cages métaboliques, tapis de course, CTscan, PET scan, MRI), imagerie cellulaire (microscopie confocale, électronique), cytométrie de flux (INFLUX BD) et de masse (CyTOF). En particulier, le/la candidat/e fera partie de l'équipe du projet 'Accueil de Talents' attribuée au Pr. Dumas et financé par la fondation ISite ULNE, Région Hauts-de-France et la Métropole Européenne de Lille ainsi que l'IHU Precidiab. Le/la candidat/e travaillera en interaction avec des collègues au sein du groupe, de l'Institut ainsi que des collaborateurs internationaux, notamment avec Imperial College de Londres dans le cadre du “ Imperial-CNRS International Research Project in Integrative Metabolism” dirigé par le Pr. Dumas.